# #——风格,呼应= FALSE,结果=“黑名单”- - - - - - - - - - - - - - - - - BiocStyle::减价()选项(宽度= 60,max.print = 1000) knitr:: opts_chunk设置(eval = as.logical (Sys美元。采用“KNITR_EVAL”,“真正的”)),缓存= as.logical (Sys。采用“KNITR_CACHE”,“真正的”)),tidy.opts = (width.cutoff = 60)列表,整理= TRUE) # # - - - - -设置,呼应= FALSE,消息= FALSE,警告= FALSE——suppressPackageStartupMessages({库(systemPipeRdata)}) # #——安装、eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #如果!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) # install.packages (BiocManager) # BiocManager::安装(“systemPipeRdata”) # #——install_devel, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # BiocManager::安装(“systemPipeRdata version =“重击”,build_vignettes = TRUE, #依赖性= TRUE)从Bioconductor # # #安装猛击版本——load_systemPipeRdata, eval = TRUE,消息= FALSE,警告= FALSE——图书馆(systemPipeRdata) #加载包# #——documentation_systemPipeRdata, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - #库(帮助=“systemPipeRdata”) # #包列表信息装饰图案(systemPipeRdata) # # #打开一幕——generate_workenvir, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # genWorkenvir(工作流=“systemPipeR / SPrnaseq”, mydirname =“rnaseq”) # setwd (rnaseq) # #——project_rnaseq, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # sal < - SPRproject() #萨尔< - importWF (sal, file_path = " systemPipeVARseq。限制型心肌病”,verbose = FALSE) # #——run_rnaseq, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # sal <——runWF (sal) # #——plot_rnaseq eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # plotWF (sal) # #——report_rnaseq eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # sal <——renderLogs (sal) # #——reporttech_rnaseq eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # sal <——renderReport (sal) # # - - - - - eval = FALSE,整洁= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # availableWF (github = TRUE) # # - - - - - eval = FALSE,整洁= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # genWorkenvir(工作流=“systemPipeR / SPrnaseq”, mydirname =“零”)# setwd (SPrnaseq) # # - - - - - eval = FALSE,整洁= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # genWorkenvir(工作流=“systemPipeR / SPrnaseq”, ref =“singleMachine”) # setwd (SPrnaseq) # # - - - - - eval = FALSE,整洁= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # genWorkenvir(工作流=“systemPipeR / SPrnaseq”url = " https://raw.githubusercontent.com/systemPipeR/systemPipeRNAseq/cluster/vignettes/systemPipeRNAseq.Rmd ", # urlname =“rnaseq_V-cluster.Rmd”) # setwd (rnaseq) # #——return_samplepaths, eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - pathList () [1:2] # #——sessionInfo - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()