CageWorkflow.

DOI：10.18129 / b9.bioc.cageworkflow.

使用R / Biocumons分析笼数据的逐步指南

Biocometiond版本：释放（3.12）

用于分析基因表达式（笼子）数据的工作流程使用R / Biocumons。

作者：Malte Thodberg [Aut，Cre]

维护者：Malte Thodberg

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：

if（！quancamespace（“biocmanager”，静静= true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“cageworkflow”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“CAGEWORKFLOW”）

HTML.	r script.	CageWorkflow.
文本		消息

细节

Biocviews.	AnnotationWorkflow.那GeneexpressionWorkflow.那工作流程
版本	1.6.0
执照	GPL-3.
依靠	r（> = 3.6.0），CageFightr.那纳米管子
进口
链接到
建议	kn那kableextra那RAMAMAMDOW.那生物焦那Biocwoodflowtools.那Pheatmap.那ggseqlogo.那viridis.那Magrittr.那Ggforce.那ggthemes.那俗苯.那dplyr.那Genomicranges.那概括分析那基因组法那生物相投那互动那GVIZ.那deseq2.那林马那edger.那Statmod.那百瑞德那SVA.那TFBStools.那motifmatchr.那Pathview.那bsgenome.mmusculus.ucsc.mm9.那txdb.mmusculus.ucsc.mm9.knowngene.那org.mm.eg.db.那jaspar2016那PNG.
系统要求
加强
URL.
取决于我
进口我
建议我
链接给我

包档案包

跟随安装在r会话中使用此包的说明。

源包	cageworkflow_1.6.0.tar.gz.
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/cageworkflow.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/笼式工作流
包短网址	https://biocumon.org/packages/cageworkflow/
包裹下载报告	下载统计信息