ExpHunterSuite

DOI:10.18129 / B9.bioc.ExpHunterSuite

转录组数据综合分析包

生物导体版本:发布(3.13)

ExpHunterSuite使用已建立的*R*包并结合其结果实现了转录数据分析的全面协议。它涵盖了RNA-seq数据的DEG检测、CEG检测和功能分析的所有关键步骤。它被实现为一个包含可以交互运行的函数的R包。此外，它还包含封装函数的脚本，可以直接从命令行运行。

作者:James Perkins， Pedro Seoane Zonjic [aut]——费尔南多·莫雷诺·贾巴托， José Córdoba Caballero [aut]， Elena Rojano Rivera [aut]， Rocio Bautista Moreno [aut]， M. Gonzalo Claros [aut]， Isabel Gonzalez Gayte [aut]， Juan Antonio García Ranea [aut]

维护者:James Perkins

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!安装BiocManager::install(" expphuntersuite ")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ExpHunterSuite”)

超文本标记语言	R脚本	表情猎人套房
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow,工作流
版本	0.99.15
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	ReactomePA,limma,刨边机,NOISeq,biomaRt,topGO,clusterProfiler,diffcoexp,DT,ggplot2,stringr,WGCNA,dplyr,AnnotationDbi,BiocGenerics,enrichplot,rmarkdown统计数据,Biobase,DESeq2,ROCR,data.table,knitr,magrittr,SummarizedExperiment,miRBaseConverter,pbapply、grDevices、graphics、utils、BiocParallel,MKinfer,matrixStats,rlang,plyr,tidyr
链接
建议	optparse,PerformanceAnalytics,naivebayes,reshape2,移行细胞癌,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ExpHunterSuite_0.99.15.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ExpHunterSuite
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ExpHunterSuite
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ExpHunterSuite/
包下载报告	下载数据