SingscoreAMLMutations

DOI:10.18129 / B9.bioc.SingscoreAMLMutations

利用singscore从转录组特征预测AML突变

生物导体版本:发布(3.12)

这个工作流包显示了转录组签名可以用来推断表现型。该工作流程首先展示了如何使用tcgabiollinks软件包下载和处理TCGA AML转录组数据。然后展示如何使用singscore包和来自MSigDB的签名对样本进行评分。最后，研究显示了得分在预测AML特定突变方面的预测能力。该工作流程展示了生物导体包的相互作用，以实现基因集水平分析。

作者:Dharmesh D. Bhuva [aut, cre]， Momeneh Foroutan [aut]， Yi Xie [aut]， Ruqian Lyu [aut]， Joseph Cursons [aut]， Melissa J. Davis [aut]

维护者:达米什D.布瓦<布瓦。d wehi.edu.au >

安装

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文档

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超文本标记语言	R脚本	利用singscore从转录组特征预测AML突变
超文本标记语言	R脚本	利用singscore从转录组特征预测AML突变
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow,GenomicVariantsWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,工作流
版本	1.6.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	dcanr,刨边机,ggplot2,gridExtra,GSEABase,mclust,org.Hs.eg.db,plyr,reshape2,rtracklayer,singscore,SummarizedExperiment,TCGAbiolinks
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,BiocWorkflowTools,拼写
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/DavisLaboratory/SingscoreAMLMutations
BugReports	https://github.com/DavisLaboratory/SingscoreAMLMutations/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SingscoreAMLMutations_1.6.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SingscoreAMLMutations
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SingscoreAMLMutations
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SingscoreAMLMutations/
包下载报告	下载数据