fluentGenomics

DOI:10.18129 / B9.bioc.fluentGenomics

一个plyranges和txmeta工作流

生物导体版本:发布(3.12)

使用plyranges和txmeta包进行流畅基因组数据分析的扩展工作流。使用txmeta正确导入RNA-seq转录本定量，并将其总结为下游分析的基因计数。使用plyrange在基因组坐标上清晰地表达操作，并结合差异表达和差异可及性分析的结果。

作者:Stuart Lee，迈克尔·洛夫

维护者:Stuart Lee < Lee。年代在wehi.edu.au >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“fluentGenomics”)

超文本标记语言	R脚本	fluentGenomics
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BasicWorkflow,GeneExpressionWorkflow,工作流
版本	1.2.0
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	plyranges(> = 1.7.7),dplyr,SummarizedExperiment,readr统计,跑龙套
链接
建议	knitr,rmarkdown,bookdown,rappdirs,BiocFileCache,DESeq2,limma,ggplot2,tidyr,tximeta(> = 1.4.2),巨噬细胞(> = 1.2.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/sa-lee/fluentGenomics
BugReports	https://github.com/sa-lee/fluentGenomics/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	fluentGenomics_1.2.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fluentGenomics
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ fluentGenomics
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/fluentGenomics/
包下载报告	下载数据