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DOI：10.18129 / b9.bioc.maendtoend.

使用Affymetrix微阵列的差异基因表达的结束工作流程

Biocometiond版本：释放（3.12）

在本文中，我们使用生物孔封装来穿过端到端的Affymetrix微阵列差动表达式工作流程。该工作流程直接适用于当前的“基因”型号，例如，阵列。Hugene或Mogene阵列，但很容易适应类似的平台。这里分析的数据是典型的临床微阵列数据集，其将发炎和非发炎的结肠组织与两种疾病亚型进行比较。对于每种疾病，分析了发炎和非发炎的结肠组织之间的差异基因表达。我们将从原始数据CEL文件开始，展示如何将它们导入生物导体表达，进行质量控制和归一化以及最终差异基因表达（DE）分析，然后进行一些富集分析。

作者：Bernd Klaus [Aut]，Stefanie Reisenauer [Aut，CRE]

维护者：Stefanie Reisenauer

安装

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if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“maendtoend”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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Browsevignettes（“Maendtoend”）

HTML.	r script.	使用Affymetrix微阵列的差异基因表达的结束工作流程
文本		消息

细节

Biocviews.	GeneexpressionWorkflow.那工作流程
版本	2.9.0
执照	麻省理工学院
依靠	r（> = 3.5.0），BioBase.那oligoclasses.那ArrayExpress.那pd.hugene.1.0.st.v1那hugene10sttranscript cluster.db.那oligo.那ArrayqualityMetrics.那林马那顶点那反弹那ClusterProfiler.那贡献那ggplot2.那Geneplotter.那Pheatmap.那rcolorbrewer.那dplyr.那Tidyr.那stringr.那MatrixStats.那Genefilter.那OpenXLSX.那rghrachviz
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建议	生物焦那kn那devtools.那RAMAMAMDOW.
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源包	maendtoend_2.9.0.tar.gz.
Windows二进制文件
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源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/maendtoend.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包裹/ maendtoend
包短网址	https://biocumon.org/packages/maendtoend/
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