revountworkflow.

DOI：10.18129 / b9.bioc.recountworkflow.

重新计算工作流程：使用Biocumonductor访问超过70,000人RNA-SEQ样品

Biocometiond版本：释放（3.12）

求助部门资源由跨越TCGA和SRA的70,000多种均匀加工的人RNA-SEQ样本组成，包括GTEX。可以通过ReCount2网站和重新计机Biocuconductor包访问处理的数据。此工作流详细介绍如何使用RECOUNT包以及如何将其与其他可以用ReCount2资源执行的若干分析集成。特别地，我们描述了如何在求助部门中计算覆盖数计数矩阵以及获取公共元数据的不同方式，这可以促进下游分析。逐步的方向展示了如何进行基因级别差异表达分析，可视化基础级基因组覆盖数据，并在多个特征级别执行分析。因此，该工作流程提供了进一步的信息，以了解Rechount2中的数据和R代码的汇编来使用数据。

作者：Leonardo Collado-Torres [Aut，Cre]，Abhinav Nellore [CTB]，Andrew E. Jaffe [CTB]

维护者：Leonardo Collado-Torres

安装

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if（！percennamespace（“biocmanager”，squally = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“refountworkflow”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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HTML.	r script.	重新计算工作流程：使用Biocumonductor访问超过70,000人RNA-SEQ样品
文本		消息

细节

Biocviews.	resource queryingworkflow.那工作流程
版本	1.14.1.
执照	艺术-2.0
依靠	r（> = 3.6.0）
进口	叙事那Genomicranges.那林马那edger.那deseq2.那RegionReport.那ClusterProfiler.那org.hs.eg.db.那贡献那德内捷德那基因组那Bumphunter.那derfinderplot
链接到
建议	生物焦那Biocwoodflowtools.那kn那sessioninfo.那RAMAMAMDOW.
系统要求
加强
URL.	https://github.com/lieberinstitute/recountworkflow.
Bugreports.	https://support.biocumon.org/t/recountworkflow/
取决于我
进口我
建议我
链接给我

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	recountworkflow_1.14.1.tar.gz.
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/recountworkflow.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ recountworkflow
包短网址	https://biocumon.org/packages/recountworkflow/
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