rtracklayer.

DOI：10.18129 / b9.bioc.rtracklayer.

R接口到基因组注释文件和UCSC基因组浏览器

Bioconductor版本：释放（3.13）

可扩展框架，用于与多个基因组浏览器（当前UCSC内置）和以各种格式操纵注释轨道（目前GFF，床，床GGRAGG，Bed15，Wig，Bigwig和2bit内置）。用户可以向/从受支持的浏览器导出/导入曲目，以及查询和修改浏览器状态，例如当前视口。

作者：迈克尔·劳伦斯，Vince Carey，Robert绅士

维护者：Michael Lawrence

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！procenamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“rtracklayer”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

Browsevignettes（“rtracklayer”）

PDF.	r script.	rtracklayer.
PDF.		参考手册
文本		消息
文本		安装
文本		执照

细节

Biocviews.	注解那DataImport.那软件那可视化
版本	1.52.0.
在生物导体中以来	BIOC 2.2（R-2.7）（13岁）
执照	艺术-2.0 +文件执照
依靠	R（> = 3.3），方法，Genomicranges.（> = 1.37.2）
进口	XML.（> = 1.98-0），生物根系（> = 0.35.3），S4Vectors.（> = 0.23.18），绞喉（> = 2.13.13），xvector.（> = 0.19.7），genomeinfodb.（> = 1.15.2），生物仪器（> = 2.47.6），Zlibbioc.那rcurl.（> = 1.4-2），RSAMTOOLS.（> = 1.31.2），基因管理（> = 1.15.6），Biocio.， 工具，restfulr.（> = 0.0.13）
链接到	S4Vectors.那绞喉那xvector.
建议	bsgenome.（> = 1.33.4），人力系统那microRNA.（> = 1.1.1），Genefilter.那林马那org.hs.eg.db.那hgu133plus2.db.那基因组法那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19那txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.那运行
系统要求
加强
URL.
取决于我	Brgenomics.那bsgenome.那CageFightr.那浮雕那chipseqspike.那CoverageView.那CSSQ.那腹带那eatonetalchipseq.那外套那Genextender.那基因组夫妇那GROHMM那吉他那Helloranges.那德国兹那升降机那Methylseekr.那orfhunter.那r3cseq.那测序那StrafturalVariantAnnotation.
进口我	阿尔卑斯山那annotationhubdata.那annotatr.那Apalyzer.那aspediafi.那Atacseqqc.那舞会礼服那BGEECALL.那Biscuiteer.那Biseq.那Branchpointer.那bsgenome.那蛋糕那卡斯珀那Cexor.那ChipanAlyser.那Chipenrich.那chipenrich.data.那Chippeakanno.那Chipseeker.那ChromheatMap.那Chromscape.那ChromSchitch.那Circrnaprofiler.那克那彗星那Compartmap.那多种那共识那cont那骗子那Customprodb.那德布勒那德内捷德那descan2.那Diffhic.那差异那差异那DMCFB.那DMCHMM.那dmrcatedata.那DMRSEQ.那埃尔默那eNCODEXPLORER.那enrichtf.那Ensembldb.那Epidecoder.那epigrahmm那erma.那esatac.那exoMepeak2.那FcScan.那GenBankr.那基因测定那Genelendatabase.那Genestructuretools.那基因组那基因组法那基因组互动那基因组那GenotyPeeval.那GGBIO.那GMAPR.那Gmoviz那哥特那格雷比亚斯核糖那GVIZ.那Hiannotator.那hicdcplus.那hit那htseqgenie.那冰茶那IGVR.那检查那划那IsoformSwitchAnalyzer.那Karyploter.那宏伟那Madseq.那蒙越者那冰雹那比赛那Metagene2.那METASEQR2.那methrix.那甲烷分析那Methylkit.那MotifBreakr.那motifdb.那多射线那Nadfinder.那纳米座那邻近那诺斯那诺考那omicspca.那orfik.那过去的那季节性ddna.那普利兰语那摇篮那妊娠期那验证那profflewlactiple.那pur那QSEA.那Quasr.那RCA.那叙事那追叙3.那补偿那林那重新那repitools.那RGMQL.那riboprofiling那RibosomeProfiling QC那RIPAT.那ramodr.那rnaprobr.那怒吼那Scanvis.那SCPIPE.那颈背那SEQCAT.那seqplots.那seqsetvis.那塞塞伦那SGSEQ.那Shinyepico那Sigspack.那singscoreamlmutations.那Sitadela.那Soggi.那Srnadiff.那systempiperdata.那TFBStools.那TrackViewer.那经纪人那Trnascanimport.那Tsrchitect那VariantAnnotation.那Varianttools.那波兰人那Wiggleplotr.
建议我	高寒那annotationhub.那自主学那biocfilecache.那Biovizbase.那BSSeq.那chipseqdb.那西塞罗那Cindex.那COMPETOOLS.那Crisprvariants.那DAMEFINDER.那司布那DSQTL.那Eisar.那EPITXDB.HS.HG38.那epitxdb.sc.saccer3.那Epivizrchart.那Epivizrdata.那fdb.fantom4.promoters.hg19.那Genextender.那基因管理那基因组分布措施那Genomicranges.那geuvadistranscriptexpr.那Goseq.那Gwascat那inpas.那互动神血那Megadepth.那弥撒那MirbaseConverter.那mutationalpatterns.那纳米管子那Organismdbi.那pasillatranscriptexpr.那PI.那图片那p那pipeframe.那pqsfinder.那r453plus1toolbox.那rcistarget.那RGADEM.那林诺那rnamodr.allanilineseq.那rnamodr.ml.那rnamodr.Ribomethseq.那rnbeads.那rsvsim.那签收那SamessPeak.那spatiallibd.那synextend.那Tapseq.那tcgautils.那扭转那trnadbimport.那TVTB.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	rtracklayer_1.52.0.tar.gz.
Windows二进制文件	rtracklayer_1.52.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	rtracklayer_1.52.0.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/rtracklayer.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ rtracklayer
包短网址	https://biocumon.org/packages/rtracklayer/
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