scMerge

DOI:10.18129 / B9.bioc.scMerge

scMerge:合并多批scRNA-seq数据

Bioconductor版本:发行版(3.16)

像所有的基因表达数据一样,单细胞RNA-seq (scRNA-Seq)数据受到批处理效应和其他不必要的变化的影响,这使得精确的生物学解释变得困难。scMerge方法利用因子分析、稳定表达基因(SEGs)和(伪)复制去除不需要的变异并合并多个scRNA-Seq数据。这个包包含scMerge管道中所有必要的功能,包括seg的识别、复制识别方法和scRNA-Seq数据的合并。

作者:林颖欣[aut, cre], Kevin Wang [aut],悉尼生物信息学和生物计量集团[芬尼]

维护者:Yingxin Lin < Yingxin。林在syney.edu.au >

引文(从R内,输入引用(“scMerge”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“scMerge”)

超文本标记语言 R脚本 scMerge
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews BatchEffectGeneExpression归一化RNASeq测序SingleCell软件转录组
版本 1.14.0
在Bioconductor BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.6.0)
进口 BiocParallelBiocSingular集群DelayedArrayDelayedMatrixStats分配igraphM3Drop(>= 1.9.4),平行,pdist代理ruvS4Vectors(> = 0.23.19),SingleCellExperiment(> = 1.7.3),SummarizedExperiment
链接
建议 BiocStylecovrHDF5Arrayknitr矩阵rmarkdown尺度testthat
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/SydneyBioX/scMerge
BugReports https://github.com/SydneyBioX/scMerge/issues
全靠我
进口我 singleCellTK
建议我 Cepo
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包 scMerge_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 scMerge_1.14.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) scMerge_1.14.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) scMerge_1.14.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scMerge
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scMerge
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/scMerge/
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/scMerge/
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