seqArchR

DOI:10.18129 / B9.bioc.seqArchR

识别序列元素的不同架构

Bioconductor版本:发行版(3.15)

seqArchR能够无监督地发现具有特定位置基序或核苷酸延伸组成的特征序列体系结构的新簇，例如cg丰富度。seqArchR不需要任何规格w.r.t.集群的数量，任何单个图案的长度，或图案之间的距离，如果和当它们成对/组出现;它直接从数据中检测到它们。seqArchR使用非负矩阵分解(NMF)作为其主干，并使用基于分块的迭代过程，可以有效地处理大型序列集合。为将集群架构可视化为序列标识提供了包装器函数。

作者:Sarvesh Nikumbh [aut, cre, cph]

维护者:Sarvesh Nikumbh < Sarvesh。在gmail.com nikumbh >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("seqArchR")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“seqArchR”)

超文本标记语言	R脚本	_seqArchR_在模拟DNA序列上的示例使用
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类，DNASeq，DimensionReduction，FeatureExtraction，GeneRegulation，遗传学，MathematicalBiology，MotifDiscovery，软件，SystemsBiology，转录组
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3 |文件许可证
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	跑龙套、图形cvTools(> = 0.3.2),质量，矩阵、方法、统计数据集群，matrixStats，fpc，cli，prettyunits，reshape2(> = 3),网状(> = 1.22),BiocParallel，BiostringsgrDevices,ggplot2(> = 3.1.1),ggseqlogo(> = 0.1)
链接
建议	cowplot，hopach(> = 2.42.0),BiocStyle，knitr(> = 1.22),rmarkdown(> = 1.12),testthat(> = 3.0.2),covr，vdiffr(> = 0.3.0)
SystemRequirements	Python (>= 3.5)， scikit-learn (>= 0.21.2)
增强了
URL	https://snikumbh.github.io/seqArchR/https://github.com/snikumbh/seqArchR
BugReports	https://github.com/snikumbh/seqArchR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	seqArchR_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	seqArchR_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64)	seqArchR_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqArchR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ seqArchR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/seqArchR/
包下载报告	下载数据