spatialDE

DOI:10.18129 / B9.bioc.spatialDE

R包装器用于SpatialDE

Bioconductor版本:发行版(3.16)

SpatialDE是一种从空间转录组数据中发现空间可变基因(SVG)的方法。这个包提供了在R中使用Python SpatialDE库的包装器，使用了reticulate和basilisk。

作者:Davide Corso [aut, cre]，米兰·马尔菲特[au]， Lambda Moses [aut]

维护者:Davide Corso

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“spatialDE”)

超文本标记语言	R脚本	spatialDE简介
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	软件，转录组
版本	1.4.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1)
进口	网状，蛇怪(> = 1.9.10),使彻底失败统计数据,SpatialExperiment、方法、SummarizedExperiment，矩阵，S4Vectors，ggplot2，ggrepel，尺度，gridExtra
链接
建议	knitr，BiocStyle，rmarkdown，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/sales-lab/spatialDE//www.andersvercelli.com/packages/spatialDE/
BugReports	https://github.com/sales-lab/spatialDE/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	spatialDE_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	spatialDE_1.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	spatialDE_1.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spatialDE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/spatialDE
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/spatialDE/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/spatialDE/
软件包下载报告	下载数据