svaRetro

DOI:10.18129 / B9.bioc.svaRetro

从结构变异中检测逆转录转座转录本

Bioconductor版本:发行版(3.16)

svaRetro包含从结构变量调用中检测反转录转置转录本(rt)的函数。它采用breakend符号GRanges的结构变体调用，并通过外显子-外显子连接和插入位点来识别rt。候选rt按事件进行报告，并使用插入的文本的信息进行注释。

作者:毁东[aut, cre]

维护者:毁东

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“svaRetro”)

超文本标记语言	R脚本	svaRetro包
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释，报道，DataImport，遗传学，测序，软件，VariantAnnotation，VariantDetection
版本	1.4.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	GenomicRanges，rtracklayer，BiocGenerics，StructuralVariantAnnotation， r (>= 4.0)
进口	VariantAnnotation，为了，Biostrings，stringr，dplyr、方法、rlang，GenomicFeatures，GenomeInfoDb，S4Vectors,跑龙套
链接
建议	TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，ggplot2，devtools，testthat(> =魅惑,roxygen2，knitr，BiocStyle，plyranges，circlize，发出滴答声，IRanges统计数据,SummarizedExperiment，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/PapenfussLab/svaRetro/issues
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	svaRetro_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	svaRetro_1.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	svaRetro_1.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	svaRetro_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/svaRetro
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/svaRetro
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/svaRetro/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/svaRetro/
软件包下载报告	下载数据