tanggle

DOI:10.18129 / B9.bioc.tanggle

系统发生网络的可视化

Bioconductor版本:发行版(3.16)

提供函数绘制分割(或隐式)网络(无根，无向)和显式网络(有根，有向)与网格扩展。'ggtree'和使用'ape'和'phangorn'的函数。它扩展了“ggtree”包[@Yu2017]，允许使用“ggplot2”语法可视化系统发育网络。它提供了“猿”Paradis和Schliep(2019)中已有的情节功能的替代方案。 和《phangorn》(2011) ．

作者:Klaus Schliep [aut, cre]，玛尔塔·维达尔·加西亚[aut]，克劳迪娅·索利斯·莱穆斯[aut]，利安·比安卡尼[aut]，艾伦·阿达[aut]， L.弗朗西斯科·赫瑙·迪亚兹[aut]，于广创[ctb]

维护者:Klaus Schliep < Klaus。Schliep在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“tanggle”)

超文本标记语言	R脚本	***纠结***:Visualización de redes filogenéticas con *ggplot2*
超文本标记语言	R脚本	***纠结***:在*ggplot2*框架中系统发育网络的可视化
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，聚类，DataImport，MultipleSequenceAlignment，系统发生学，软件，可视化
版本	1.4.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1)，ggplot2(> = 2.2.0),ggtree
进口	猿(> = 5.0),phangorn(>= 2.5)， utils，方法
链接
建议	tinytest，BiocStyle，ggimage，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://klausvigo.github.io/tangglehttps://github.com/KlausVigo/tanggle
BugReports	https://github.com/KlausVigo/tanggle/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	tanggle_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	tanggle_1.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	tanggle_1.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	tanggle_1.4.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tanggle
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ tangle
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/tanggle/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/tanggle/
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