terraTCGAdata

DOI:10.18129 / B9.bioc.terraTCGAdata

Terra上的OpenAccess TCGA数据作为MultiAssayExperiment

Bioconductor版本:发行版(3.15)

利用Terra上现有的开放访问TCGA数据与完善的Bioconductor基础设施。在不了解其复杂性的情况下使用Terra数据模型。通过一些函数，您可以从Terra提供的TCGA示例工作区中复制/下载并生成MultiAssayExperiment。

作者:马塞尔·拉莫斯[aut, cre]

维护者:Marcel Ramos < Marcel。拉莫斯在roswellpark.org >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("terraTCGAdata")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“terraTCGAdata”)

超文本标记语言	R脚本	通过MultiAssayExperiment获取Terra TCGA数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，基础设施，软件
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2.0),铁砧，MultiAssayExperiment
进口	BiocFileCache，dplyr，GenomicRanges、方法、RaggedExperiment，readr，S4Vectors统计数据,tidyr，TCGAutils,跑龙套
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，withr，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/waldronlab/terraTCGAdata
BugReports	https://github.com/waldronlab/terraTCGAdata/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	terraTCGAdata_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	terraTCGAdata_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64)	terraTCGAdata_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/terraTCGAdata
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ terraTCGAdata
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/terraTCGAdata/
包下载报告	下载数据