wppi

DOI:10.18129 / B9.bioc.wppi

加权蛋白质-蛋白质相互作用

Bioconductor版本:发行版(3.16)

蛋白质-蛋白质相互作用数据是组学数据分析和建模的关键。数据库知识是一般的，而不是特定于细胞类型、生理状况或任何其他决定哪些连接是功能性的并有助于信号传递的背景。功能注释，如基因本体论和人类表型本体论可能有助于评估相互作用的相关性。该包基于功能注释(如Human Protein Ontology和Gene Ontology)预测蛋白质-蛋白质相互作用的功能相关性，并基于网络拓扑结构、功能评分和路径搜索算法对基因进行优先级排序。

作者:Ana Galhoz，德尼斯·图雷[au]——迈克尔·门登[au]， Albert Krewinkel [ctb, cph] (pagebreak Lua过滤器)

维护者:Ana Galhoz < Ana。Galhoz在helmholtz-muenchen.de>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“wppi”)

超文本标记语言	R脚本	WPPI工作流
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释，GeneSignaling，GeneTarget，GraphAndNetwork，网络，通路，软件，SystemsBiology，转录组
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1)
进口	dplyr，igraph，日志记录器、方法、magrittr，矩阵，OmnipathR(> = 2.99.8),进步，purrr，rlang，RCurl统计数据,宠物猫，tidyr
链接
建议	knitr，testthat，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/AnaGalhoz37/wppi
BugReports	https://github.com/AnaGalhoz37/wppi/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	wppi_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	wppi_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	wppi_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	wppi_1.6.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/wppi
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/wppi
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/wppi/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/wppi/
软件包下载报告	下载数据