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GenomicFeatures
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65
的观点
重新探讨TxDB中基因名称的包含
Bioconductor
GenomicFeatures
TxDB
10周前•9周前更新
k.vitting.seerup
•100年
0
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2
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One hundred.
的观点
为什么与kallisto的tpm相比,tpm的值不同?
rnaseq
计数
tpm
GenomicFeatures
kallisto
11星期前
m93
•0
•11周前更新
迈克尔的爱
31 k
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53
的观点
用于替代异构体的pmapToTranscripts
GenomicFeatures
3个月前
lvclark
•0
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180
的观点
制作TxDb时添加基因符号
txdb
genomicfeatures
5个月前
杰克
•70年
•5个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
3.
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148
的观点
GRanges/GFeatures:在cdsByOverlaps输出中保留所有父列
农庄
GenomicRanges
GenomicFeatures
cdsByOverlaps
DiffBind
5个月前
vanbelj
•10
•5个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
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72
的观点
从GTF创建TXDB时出错
genomicfeatures
makeTxDbFromGRanges
GenomicFeatures
makeTxDbfromGRanges
5个月前
anze.zupanic
•0
•5个月前更新
shepherl
2.5 k
3.
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6
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124
的观点
TxDb,基因组特征从GTF文件加载(Mmul_8)
TxDb
GenomicFeatures
6个月前
布莱恩•史密斯
•120年
•6个月前更新
马丁•摩根
25 k
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57
的观点
makeTxDbFromGFF警告含义
GenomicFeatures
8个月前
ribioinfo
•90年
•8个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
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86
的观点
如何为TES创建grange
GenomicFeatures
TxDb
CLIP-Seq
8个月前
mar.pieraccioli
•10
•8个月前更新
迈克尔•劳伦斯
11 k
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62
的观点
警告:使用makeTxDbFromGFF停止不能映射到外显子的密码子
genomicranges
genomicfeatures
8个月前
shangguandong1996
•20
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60
的观点
makeTxDbFromBiomart错误
GenomicFeatures
8个月前
sjmonkley
•30
•8个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
2
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3.
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200
的观点
在genome edbinfo包中“无法将以下UCSC序列水平映射到NCBI序列水平”错误
genomeinfodb
hg19
加州大学
seqlevel
genomicfeatures
9个月前
焚风
•60
•9个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
3.
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4
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104
的观点
如何关闭“makeTxDbFromGFF”中miRNA类型的识别特征
GenomicFeatures
genomicranges
10个月前
shangguandong1996
•20
•9个月前更新
Herve页面
14 k
1
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2
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66
的观点
任何“缓存”TxDb对象的可能性?
GenomicFeatures
TxDb
10个月前
aush
•40
•10个月前更新
史蒂夫Lianoglou
13 k
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74
的观点
试图转换gff文件-> txdb对象使用GenomicFeatures::makeTxDbFromGFF()错误
GenomicFeatures
注释
人造石铺地面
GenomicRanges
11个月前
domenick.braccia
•0
•11个月前更新
shepherl
2.5 k
0
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61
的观点
在包GenomicFeatures中的makeTxDbFromBiomart期间,biomart web服务错误
biomart
txdb
makeTxDbFromBiomart
GenomicFeatures
11个月前
ksomi47
•0
•11个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
6
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11
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2.7 k
的观点
基因间坐标与基因组特征
genomicranges
genomicfeatures
iranges
5.8年前
饼干
•20
•11个月前更新
mohancm89
•0
2
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3.
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76
的观点
基因组特征启动子重叠:通过重叠识别启动子?
GenomicFeatures
GenomicRanges
12个月前
vanbelj
•10
•12个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
0
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3.
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142
的观点
将转录本中的外显子大小调整为总宽度
genomicranges
genomicfeatures
13个月前
杰克
•70年
•13个月前更新
迈克尔•劳伦斯
11 k
0
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8
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176
的观点
exonsBy没有按升序排列外显子,这是一个错误还是过时的文档?
GenomicFeatures
GenomicAlignment
GenomicAlignments
exonBy
coverageByTranscript
14个月前
Jiping王
•70年
•14个月前更新
Herve页面
14 k
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103
的观点
解决了。在GenomicRanges的列表中查找到最近邻居(非自己)的距离
GenomicRanges
GenomicFeatures
画眉山庄
distanceToNearest
R
14个月前
rmash
•0
4
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3.
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534
的观点
TxDb错误:外部指针无效
软件错误
GenomicFeatures
15个月前
威廉·麦克朗
•0
0
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2
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233
的观点
从gtf文件创建txDb时出错
genomicfeatures
16个月前
bioinagesh
•0
3.
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4
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217
的观点
每个基因有三个eutrsbytranscript
GenomicFeatures
成绩单
基因
threeUTRsByTranscript
16个月前
amgtech
•0
•16个月前更新
Herve页面
14 k
0
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1
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221
的观点
从GFF3数据为非系统生物/ denovo程序集创建完整的TXDB对象
GenomicFeatures
rtracklayer
20个月前
stephane.plaisance
•10
•20个月前更新
Herve页面
14 k
0
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271
的观点
makeTxDbFromGFF错误
genomicfeatures
人造石铺地面
定制的基因组
makeTxDbFromGFF
makeTxDbFromGRanges
21个月前
xvazquezc
•0
0
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185
的观点
基因组特征包的特征功能在2014年工作,但目前不工作(上传已删除的帖子)
genomicfeatures
22个月前
rodolfobahamonde
•0
•22个月前更新
马丁•摩根
25 k
4
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3.
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439
的观点
利用基因组特征提取转录本的上游和下游区域
genomicfeatures
23个月前
courtney.stairs
•0
•22个月前更新
Herve页面
14 k
5
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507
的观点
makeTxDbFromUCSC错误
genomicfeatures
R
bioconductor
maketxdbfromucsc
24个月前
alanchenslm
•0
•24个月前更新
Herve页面
14 k
0
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5
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282
的观点
基因组特征支持ducscfeaturedbtracks永不返回,必须与C-c终止
genomicfeatures
错误
2.1年前
马尔科姆。库克
♦1.5 k
•2.1年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
1
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2
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447
的观点
makeTxDbFromUCSC: Make the TxDb对象出错
GenomicFeatures
makeTxDbFromUCSC
R
2.2年前
DMA1
•10
0
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2
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376
的观点
dexSeq总结实验的准备
dexseq
genomicalignments
genomicfeatures
genomicranges
2.3年前
一个
•40
0
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1
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345
的观点
NCBI hg38转录本注释包
GenomicFeatures
2.3年前
zoe.ward
•0
•2.3年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
0
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0
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373
的观点
基因组特征:如何提取一个基因的TSS上游区域,直到侧翼(附近)基因的结束位置。
genomicranges
genomicfeatures
启动子
upstream_flank
2.3年前
Wojeff
•0
1
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8
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805
的观点
试图将核苷酸位置从转录本映射到基因组位置
genomicfeatures
mapfromtranscripts
microrna的
2.3年前
维多利亚Perreau
•20
•2.3年前更新
瓦莱丽Obenchain
♦6.7 k
0
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1
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638
的观点
getPromoterSeq error "错误值[[3L]](cond):记录1 (1:-XXXX-XXX)被截断"
getPromoterSeq
农庄
GenomicFeatures
2.4年前
jerrywu1987
•0
1
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1
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386
的观点
从GFF3文件中提取基因结构,用于annotateWithGeneParts()
genomicfeatures
genomation
genomicranges
甲基化
注释
2.5年前
alan.g.hudson
•0
•2.5年前更新
altuna akalin
•20
0
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1
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476
的观点
从makeTxDbFromUCSC()获取小鼠基因id
GenomicFeatures
makeTxDbFromUCSC
2.5年前
warrena
•0
•2.5年前更新
shepherl
2.5 k
0
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5
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416
的观点
使用makeTxDbFromGFF自定义BSgenome
bsgenome
genomicfeatures
2.5年前
michael.weber.1
•0
0
票
1
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433
的观点
“停止密码子不能映射到外显子”
genomicfeatures
txdb
maketxdbfromgff
2.5年前
marisa.e.miller
•0
•2.5年前更新
daniel.vantwisk
•50
1
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1
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343
的观点
makeTxdbFromUCSC下载失败
maketxdbpackagefromucsc
rtracklayer
genomicfeatures
2.5年前
lalchungnungabt17
•0
•2.5年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
0
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1
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1.1 k
的观点
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19。knownGen安装失败-非零退出状态
软件错误
包安装
genomicfeatures
2.5年前
isultan
•0
•2.5年前更新
马丁•摩根
25 k
3.
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1
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550
的观点
GenomicFeature如何计算3'UTR?
genomicfeatures
注释
utr
2.6年前
hxlei613
•0
•2.5年前更新
Herve页面
14 k
1
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3.
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728
的观点
GenomicFeatures::makeTxDbFromEnsembl创建TxDb对象失败
genomicfeatures
2.6年前
kaur.alasoo
•30
•2.6年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
0
票
1
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493
的观点
lncRNA的TPM和FPKM
GenomicFeatures
TPM
FPKM
lncRNA
2.6年前
艾娜Hoeschele
•610年
0
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2
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477
的观点
无法在任何表中使用makeTxDbFromUCSC获取TxDb对象:
软件错误
genomicfeatures
2.7年前
rmendez
•0
•2.7年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
1
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1
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599
的观点
安装“基因组特征”
GenomicFeatures
2.7年前
krwyaong.ju
•0
•2.7年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
1
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14
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1.1 k
的观点
DEXSeq - dexseq_count.py问题
dexseq
dexseq_count
genomicfeatures
2.9年前
marija.durdevic
•0
•2.7年前更新
危害
•0
0
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1
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367
的观点
设置PLAYRDesign会在makeTxDbFromUCSC上出错,在tableNames上出错
genomicfeatures
R
2.8年前
songshan.guo
•0
5
票
5
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806
的观点
makeTxDbFromUCSC("hg19", "refGene")给出"不支持"错误
genomicfeatures
2.8年前
RJ
•20
•更新于2.8年前
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
258个结果•页面
1 / 6
最近……
回复
注释:在特定位置用另一个核苷酸序列替换特定的核苷酸序列
通过
Konstantinos叶尔
•40
你好@Benjamin-24571为你的例子,我可以建议你这段代码:读取<- c("1","2","3","4")序列<- c("ACACCCACG", "AA…
评论:芯片序列分析由DiffBind包
通过
shrinka.genetics
•0
您好,感谢您的回复。我改变了我的文件格式,现在它运行了。它也给了一块地。所有文件都在同一个目录下。不…
答:在Docker中安装Bioconductor包
通过
Konstantinos叶尔
•40
你好,@adklt -21974我在docker中安装包的方法是这样的:FROM bioconductor/bioconductor_docker…
评论:HTqPCR:处理技术重复(过滤类别)和无法肛门
通过
larissa.stanberry
•0
我也遇到了同样的问题。过滤似乎不携带featureData除了featurename,例如调用featureD…
备注:设计矩阵为DESeq2或EdgeR
通过
凯文Blighe
2.3 k
在Biostars上交叉发布:https://www.biostars.org/p/484823/
票
答:Biocthis GHA最近在macOS上失败了
答案:Limma帮助(创建设计矩阵)
注释:两种具有不同文库大小的批量RNA数据集的归一化
如何更好地设计一个火山情节
用生物串中的另一个核苷酸序列替换特定位置的特定核苷酸序列
奖
•所有
先知
来
ilysR
•0
受欢迎的问题
来
苏菲·玛丽恩·德·普罗斯
•0
先知
来
jol.espinoz
•30
史诗的问题
来
jol.espinoz
•30
受欢迎的问题
来
jma1991
•40
位置
•所有
海边的城市,
59分钟前
WEHI,澳大利亚墨尔本,
3小时前
意大利萨莱诺大学,
7小时前
美国,
7小时前
爱尔兰共和国,
8小时前
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