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TxDb
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65
的观点
重新探讨TxDB中基因名称的包含
Bioconductor
GenomicFeatures
TxDB
10周前
k.vitting.seerup
•100年
0
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182
的观点
制作TxDb时添加基因符号
txdb
genomicfeatures
5个月前
杰克
•70年
•5个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
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101
的观点
使用DRIMSeq与鲑鱼计数数据时出错
DRIMSeq
tximport
txdb
大马哈鱼
5个月前
夏洛特
•0
•5个月前更新
迈克尔的爱
31 k
3.
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6
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125
的观点
TxDb,基因组特征从GTF文件加载(Mmul_8)
TxDb
GenomicFeatures
6个月前
布莱恩•史密斯
•120年
•6个月前更新
马丁•摩根
25 k
3.
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92
的观点
注释TxDb包中的超大基因
注释
txdb
AnnotationData
遗传学
6个月前
纸莎草纸
•10
•6个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
0
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46
的观点
下载“TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene”时出现问题
注释
软件
TxDb
7个月前
AmalAbdel-Aziz
•0
•7个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
0
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99
的观点
当我想要获得tagMatrix时,ChIPseeker错误
Chipseeker
TxDb
getpromoters
软件错误
8个月前
hfyuan2016
•0
0
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2
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87
的观点
如何为TES创建grange
GenomicFeatures
TxDb
CLIP-Seq
8个月前
mar.pieraccioli
•10
•8个月前更新
迈克尔•劳伦斯
11 k
1
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68
的观点
任何“缓存”TxDb对象的可能性?
GenomicFeatures
TxDb
10个月前
aush
•40
•10个月前更新
史蒂夫Lianoglou
13 k
0
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2
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62
的观点
在包GenomicFeatures中的makeTxDbFromBiomart期间,biomart web服务错误
biomart
txdb
makeTxDbFromBiomart
GenomicFeatures
11个月前
ksomi47
•0
•11个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
0
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5
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67
的观点
改变基因ID注释风格-使用Salmon输出[NM…]],生成的计数文件只能是数字id
tximport
基因身份证
txdb
RefSeq
大马哈鱼
11个月前
holmkn
•0
•11个月前更新
迈克尔的爱
31 k
6
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5
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88
的观点
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene缺失PTEN ?
TxDb
注释
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene
12个月前
bernatgel
•130年
•12个月前更新
shepherl
2.5 k
6
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4
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360
的观点
RefSeq或ENSEMBL基因外显子坐标
txdb
基因组
外显子
17个月前
波格丹
•610年
•17个月前更新
马丁•摩根
25 k
2
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379
的观点
makeTxDbFromGFF中的警告
txdb
19个月前
堰
•10
•19个月前更新
Herve页面
14 k
2
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1
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227
的观点
TxDb对象是否包含非转录活性区域的信息?
TxDb
农庄
BSGenome
变异注释
22个月前
jacorvar
•40
•22个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
3.
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2
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442
的观点
如何在“ChIPseeker”包中使用endb
农庄
ChIPseeker
annotatePeak
TxDb
EnsDb
23个月前
焚风
•60
•23个月前更新
约翰内斯Rainer
♦1.7 k
2
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4
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380
的观点
从TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19中提取外显子信息的问题。knownGene:外显子数量不正确,外显子重叠
txdb
txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene
农庄
外显子
加州大学
2.1年前
olavur
•10
•2.1年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
0
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3.
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532
的观点
makeTxDbFromBiomart错误
软件错误
txdb
maketxdbfrombiomart
2.3年前
katie_emelianova
•0
0
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1
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435
的观点
“停止密码子不能映射到外显子”
genomicfeatures
txdb
maketxdbfromgff
2.5年前
marisa.e.miller
•0
•2.5年前更新
daniel.vantwisk
•50
0
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1
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351
的观点
TxDb基本问题
txdb
TxDb.Mmulatta.UCSC.rheMac8.refGene
2.6年前
布莱恩•史密斯
•120年
•2.5年前更新
daniel.vantwisk
•50
0
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4
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576
的观点
合并基因组范围列表中的每个元素
txdb
农庄
cd
羊痘疮
R
2.6年前
q.thomas
•0
•2.6年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
0
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1
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519
的观点
基因组特征:在泛型功能环境中找不到“递归”符号
genomicfeatures
rnaseq
txdb
2.8年前
lucasmacielbiotec
•0
1
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5
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621
的观点
从类似txdb的物体中提取基因组特征
TxDB
genomicfeatures
启动子
getpromoterseq
2.9年前
rbenel
•10
•2.9年前更新
Herve页面
14 k
0
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1
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1.8 k
的观点
使用makeTxDbFromGFF创建txdb
bioconductor
txdb
maketxdbfromgff
3.1年前
纳德。Aryamanesh
•0
2
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4
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1.1 k
的观点
可能的Rtracklayer问题:TxDb错误在GenomicFeatures包-无法从UCSC加载TxDb标准参数(问题开始于昨晚)
genomicfeatures
txdb
maketxdbfromucsc
maketxdbfrombiomart
rtracklayer
3.1年前
james.dalgleish
•30
•3.1年前更新
迈克尔•劳伦斯
11 k
2
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2
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1.1 k
的观点
如何准备TxDb对象使用makeTxDbFromGFF与多顺激转录?
txdb
gff3
多顺反子记录
3.2年前
彼得亚雷Gawronski
•0
0
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4
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635
的观点
无法为已定义的GRanges对象提取TxFeatures
TxDB
genomicranges
genomicfeatures
3.2年前
oolongoni
•10
•3.2年前更新
Herve页面
14 k
0
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0
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489
的观点
新闻:
Bioc 3.6的AnnotationHub中已经添加了OrgDb和TxDb包
orgdb
txdb
bioconductor
注释
annotationhub
新闻
3.2年前
shepherl
2.5 k
0
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2
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636
的观点
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene缺失基因
txdb
txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene
gviz
3.3年前
izzy.yichao.cai
•10
•3.3年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
3.
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5
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567
的观点
R会话崩溃与SGSeq::convertToTxFeatures
崩溃
SGSeq
TxDb
makeTxDbFromBiomart
TxFeatures
3.3年前
oolongoni
•10
•3.3年前更新
伦纳德·戈尔茨坦
•110年
0
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2
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979
的观点
为BSgenome或txdb包添加注释功能
bsgenome
txdb
注释
orgdb
3.5年前
迪迪
•10
0
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2
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637
的观点
makeTxDbFromGFF由于不兼容的seqname导致的错误
summarizedexperiment
TxDb
gtf
genomicfeatures
3.5年前
filipeje
•0
•3.5年前更新
迈克尔的爱
31 k
0
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1
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642
的观点
makeTxDbFromGFF返回带有错误seqids的对象(错误的染色体名称)
genomicfeatures
txdb
犬属后裔
rna-seq
3.8年前
jggomeza
•0
•3.8年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
5
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7
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934
的观点
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene_3.4.0可能出错?
txdb
genomicfeatures
3.9年前
Chao-Jen黄
•30
•更新于3.9年前
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
2
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1
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539
的观点
makeTxDbPackage()错误:SOURCEURL符号的值不是单个字符串
genomicfeatures
txdb
4.1年前
gtho123
•40
•4.1年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
0
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2
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520
的观点
TxDb mm10坐标错误?
txdb
txdb.mmusculus.ucsc.mm10.knowngene
4.1年前
马克
•10
•4.1年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
3.
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3.
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595
的观点
用两种方法在TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19中特定染色体上发现的基因。基因不完全相同
txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene
txdb
4.4年前
李lilingdu
•450年
•4.4年前更新
马丁•摩根
25 k
1
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2
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1.6 k
的观点
排除makeTxDbFromGRanges:一些外显子链接到文件中没有找到的转录本
genomicfeatures
txdb
makeTxDbFromGRanges
4.5年前
圭多Hooiveld
♦2.8 k
•4.5年前更新
Herve页面
14 k
4
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2
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603
的观点
在makeTxDbPackage中区分DataSource与Provider和ProviderVersion
genomicfeatures
txdb
maketxdbfromgff
元数据
4.7年前
TimotheeFlutre
•70年
•更新于4.7年前
瓦莱丽Obenchain
♦6.7 k
0
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5
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669
的观点
makeTxDbFromGFF返回空对象
genomicfeatures
txdb
maketxdbfromgff
4.7年前
TimotheeFlutre
•70年
0
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2
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647
的观点
如何获取文本注释(唯一)
txdb
4.7年前
K
•50
7
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4
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1.8 k
的观点
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene缺失PDCD1 ?
txdb
txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene
txdb.hsapiens.ucsc.hg38.knowngene
org.hs.eg.db
注释
4.8年前•更新于4.7年前
enricoferrero
•570年
0
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0
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633
的观点
extractUpstreamSeqs自定义基因组,没有显示gene_id
genomicranges
txdb
genomicfeatures
featureextraction
4.8年前
wd
•30
•4.8年前更新
马丁•摩根
25 k
4
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4
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1.1 k
的观点
为什么Homo。智人进口TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19。而不是txdb . hsapiens . ucsc .hg .knownGene?
homo.sapiens
txdb
注释
4.8年前
enricoferrero
•570年
•4.8年前更新
瓦莱丽Obenchain
♦6.7 k
0
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1
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788
的观点
如何在TxDb granges中找到所需feature_by的索引位置?
农庄
txdb
genomicfeatures
4.9年前
vinod.acear
•50
•4.9年前更新
马丁•摩根
25 k
2
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2
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691
的观点
如何重命名seqlevels样式(I, II, III,…,十六,水户到1,2,3,…16, 17.) in txdb granges?
renameSeqlevels
mapSeqlevels
grangeslist
农庄
txdb
4.9年前
vinod.acear
•50
1
投票
6
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869
的观点
问题创建TXDB对象和bsgenome的龙葵
bsgenome
txdb
启动子
5.0年前
sekawaiwai2006
•20
•更新于5.0年前
马丁•摩根
25 k
0
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3.
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895
的观点
拟南芥启动子区域误差提取
启动子区域
txdb
5.0年前
sekawaiwai2006
•20
•更新于5.0年前
马丁•摩根
25 k
4
票
7
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1.5 k
的观点
如何从biomart获得用于sacer2 (EF4)组装的txdb格式的基因组特征?
makeTxDbFromBiomart
genomicfeatures
txdb
biomart
5.2年前
vinod.acear
•50
•5.2年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
0
票
4
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710
的观点
调用setter seqlevelsStyle后,threeUTRsByTranscript似乎不工作
txdb
threeutrsbytranscript
seqlevelsstyle
seqlevels
5.3年前
罗伯特·k·布拉德利
•40
57个结果•页面
二选一
最近……
回复
回答:错误在GenomeInfoDb:::makeNewSeqnames
通过
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
如果你排列的是基于Ensembl的基因组,那么你的染色体将不会以“chr”开头。而是1-22 X Y MT
回答:DiffBind如何同时处理单端和对端数据
通过
1831513
•0
非常感谢您的帮助!按照您的脚本,我获得了歌唱端和配对端数据的正确读取计数,并运行dba.a…
回答:DiffBind:错误在高度* sapply(调用,函数(x) x)
通过
罗里斯塔克
♦3.5 k
我猜你从最初的帖子更新了软件?' sessionInfo() '的当前输出是什么?如果你能给我一个链接…
评论:如何根据表面表达水平筛选细胞进行scRNA-seq分析
通过
ATpoint
•390年
我建议你浏览//www.andersvercelli.com/books/release/OSCA/并练习其中包含的一些数据。我猜…
注释:Conc_1在differnet dba。报告结果略有不同
通过
罗里斯塔克
♦3.5 k
' dba.plotMA()“使用”(abs(褶皱)> =褶皱)&(罗斯福< = th)”。关于浓度问题,如果你能给我一个链接,我可以进入你的…
票
回答:DiffBind如何同时处理单端和对端数据
答:在DESeq2中用apeglm解释lfcShrink()的结果
A: MAST单细胞RNA-seq分析,组大小不平衡
用MAST进行单细胞rna序列分析,组大小不平衡
A: MAST单细胞RNA-seq分析,组大小不平衡
奖
•所有
先知
来
ilysR
•0
受欢迎的问题
来
苏菲·玛丽恩·德·普罗斯
•0
先知
来
jol.espinoz
•30
史诗的问题
来
jol.espinoz
•30
受欢迎的问题
来
jma1991
•40
位置
•所有
爱尔兰共和国,
6分钟前
纽约市,
10分钟前
海德堡EMBL / de.NBI,
18分钟前
美国,
20分钟前
克鲁克,剑桥,英国
33分钟前
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