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农庄
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11
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11 k
的观点
DESeq2:向DESeqDataSet中添加注释(来自数据帧)
deseq2
注释
农庄
6.2年前
Darya Vanichkina
•120年
•7周前更新
mschmidt
•10
1
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3.
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93
的观点
合并相邻的基因组片段
农庄
GenomicRanges
8星期前
rahnaman
•10
0
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4
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104
的观点
基因信息(GRanges +序列)到GenBank
农庄
基因组范围
genbankr
ensembldb
3个月前
biomiha
•20
•3个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
0
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1
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77
的观点
需要帮助重叠过度表示使用组合基因组范围的排列测试
地区
农庄
iranges
8个月前
梁的天使
•0
•3个月前更新
bernatgel
•130年
6
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3.
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116
的观点
我如何子集一个GRanges对象基于染色体(和近似区域)?
农庄
4个月前
deepue
•10
•4个月前更新
mmfansler
•30
3.
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7
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149
的观点
GRanges/GFeatures:在cdsByOverlaps输出中保留所有父列
农庄
GenomicRanges
GenomicFeatures
cdsByOverlaps
DiffBind
5个月前
vanbelj
•10
•5个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
8
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10
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159
的观点
比较来自两个grange的范围,并检查来自第一个grange的范围是否包含在另一个grange中。
农庄
IRanges
7个月前
omarrafiqued
•50
•7个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
2
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2
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82
的观点
如何访问GAlignments对象的元数据
rtracklayer
Rsamtools
GAlignments
农庄
元数据
8个月前
罗伯特。
•10
•8个月前更新
Herve页面
14 k
1
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1
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102
的观点
Rtracklayer导出Granges对象为bigwig错误:特征不能重叠
rtracklayer
genomicranges
农庄
9个月前
ssabri
•20
•9个月前更新
迈克尔•劳伦斯
11 k
7
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13
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278
的观点
如何使用GenomicScores提取所有蛋白质编码基因和lncrna的phastcons评分?
genomicscores
农庄
phastCons100way.UCSC.hg38
r
rtracklayer
10个月前
生物学家
•90年
•10个月前更新
罗伯特Castelo
♦2.6 k
0
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6
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110
的观点
基因组范围:找到第一,第二和第三个最近的基因
R
GenomicRanges
农庄
10个月前
ssabri
•20
•10个月前更新
戈登•史密斯
41 k
0
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1
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138
的观点
利用GRanges在整个基因组的平铺窗口中计算和绘制AT含量
bioconductor
biostrings
gc含量
biostring
农庄
14个月前
atotalamateur
•0
•14个月前更新
Herve页面
14 k
3.
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12
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217
的观点
理解group_by、reduce_ranges、
plyranges
农庄
14个月前
Konstantinos叶尔
•40
•14个月前更新
lee.s
•70年
4
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9
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223
的观点
使用基因组范围获得非重叠(非冗余)区域的计数
genomicranges
农庄
grangeslist
R
16个月前
new_user6
•0
•16个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
7
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8
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4.6 k
的观点
如何从granges删除未绑定的行
农庄
grangeslist
5.3年前
vinod.acear
•50
•18个月前更新
balwierz
•40
3.
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10
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1.2 k
的观点
从GRanges对象中提取每个基因组坐标的元数据
GenomicRanges
农庄
18个月前
罗伯特。
•10
4
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2
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354
的观点
从ipo中构建gpo
genomicranges
农庄
gpo
2.3年前
maltethodberg
•140年
•19个月前更新
Herve页面
14 k
0
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2
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653
的观点
GenomicRanges构造grange错误
农庄
21个月前
rhooads7
•0
•21个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
2
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1
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228
的观点
TxDb对象是否包含非转录活性区域的信息?
TxDb
农庄
BSGenome
变异注释
22个月前
jacorvar
•40
•22个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
4
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1
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258
的观点
重写grange的seqinfo的推荐方法是什么?
农庄
seqinfo
import.bw
BigWigFile
rtracklayer
22个月前
maltethodberg
•140年
•22个月前更新
迈克尔•劳伦斯
11 k
1
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3.
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313
的观点
获取5'上游区域到最近编码区域的坐标
r
农庄
启动子
22个月前
eggrandio
•0
•22个月前更新
Herve页面
14 k
2
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1
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475
的观点
创建一个矩阵来显示多个grange之间的重叠
r
农庄
GenomicRanges
23个月前
维尼修斯·恩里克·达·席尔瓦
•40
•22个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
3.
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2
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443
的观点
如何在“ChIPseeker”包中使用endb
农庄
ChIPseeker
annotatePeak
TxDb
EnsDb
23个月前
焚风
•60
•23个月前更新
约翰内斯Rainer
♦1.7 k
5
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8
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685
的观点
从fasta文件开始
biostrings
fasta
genomicranges
农庄
23个月前
Konstantinos叶尔
•40
•23个月前更新
马丁•摩根
25 k
0
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4
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299
的观点
从grange分数改变符号以可视化负链数据
农庄
rtracklayer
23个月前
ferbecneu
•0
•23个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
3.
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12
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390
的观点
mclapply循环遍历一个GRangesList对象
GenomicRanges
农庄
GRangesList
平行
mclapply
23个月前
焚风
•60
0
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1
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253
的观点
创建GRanges对象
微阵列
minfi
GenomicRatio
农庄
甲基化
2.0年前
lalchungnungabt17
•0
2.0年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
2
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4
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381
的观点
从TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19中提取外显子信息的问题。knownGene:外显子数量不正确,外显子重叠
txdb
txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene
农庄
外显子
加州大学
2.1年前
olavur
•10
•2.1年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
0
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1
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275
的观点
如何重写GRanges类的构造函数?
genomicranges
农庄
2.1年前
Shaurya Jauhari
•0
3.
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7
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4.7 k
的观点
非重叠granges(或subsetByOverlaps的相反部分)
农庄
genomicranges
iranges
subsetByOverlaps
5.3年前
vinod.acear
•50
•2.1年前更新
doublehelix31
•0
1
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2
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325
的观点
通过基因名获取GRanges对象
农庄
基因符号
IdeoViz
2.2年前
阿尔曼Shahrisa
•10
2
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4
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324
的观点
根据mcols值将GRanges拆分为GRangeList
农庄
2.2年前
unamourdeswann
•10
•2.2年前更新
迈克尔•劳伦斯
11 k
1
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2
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358
的观点
将AME .tsv文件拆分为GRanges对象或DataFrame
meme
ame
主题
dataframe
农庄
2.2年前
rbronste
•60
•2.2年前更新
迈克尔•劳伦斯
11 k
2
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1
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350
的观点
gps对象的范围内转换?
genomicranges
gpo
农庄
2.3年前
maltethodberg
•140年
•2.3年前更新
Herve页面
14 k
0
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3.
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550
的观点
选择列形成grange对象列表
r
农庄
画眉山庄
2.3年前
g.k
•0
2
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2
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1.2 k
的观点
连接基因组范围的列表
r
农庄
genomicranges
2.3年前
g.k
•0
•2.3年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
4
票
8
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451
的观点
最接近断点的基因
农庄
plyranges
2.4年前
波格丹
•610年
•2.4年前更新
戈登•史密斯
41 k
0
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1
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640
的观点
getPromoterSeq error "错误值[[3L]](cond):记录1 (1:-XXXX-XXX)被截断"
getPromoterSeq
农庄
GenomicFeatures
2.4年前
jerrywu1987
•0
5
票
9
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469
的观点
subsetByOverlaps:比较grange并将所有信息保存在METACOLUMNS中
农庄
bedtools
相交
2.4年前
波格丹
•610年
•2.4年前更新
lee.s
•70年
1
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1
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295
的观点
子集GRanges对象
农庄
构造子集
2.4年前
lalchungnungabt17
•0
•2.4年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
0
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7
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607
的观点
计算多个床文件的平均得分
chip-seq
农庄
R
床上的文件
2.5年前
jinseok
•0
•2.5年前更新
spotifywebplayer
•0
2
票
1
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414
的观点
在Granges交互中重命名seqlevels时出错
interactionset
农庄
2.5年前
维尼修斯·恩里克·达·席尔瓦
•40
•2.5年前更新
亚伦Lun
♦26 k
0
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4
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577
的观点
合并基因组范围列表中的每个元素
txdb
农庄
cd
羊痘疮
R
2.6年前
q.thomas
•0
•2.6年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
0
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1
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354
的观点
检测GRanges对象中间隙最小的站点
R
genomicranges
农庄
画眉山庄
2.8年前
g.k
•0
0
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0
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344
的观点
用于DEXSeq分析的元数据表
dexseq
差异异构体用法
亚型
summarizeoverlaps
农庄
2.8年前
一个
•40
1
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2
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442
的观点
检测Grange对象内的重叠
r
画眉山庄
农庄
iranges
2.8年前
g.k
•0
•更新于2.8年前
迈克尔•劳伦斯
11 k
0
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1
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337
的观点
r_granges_add合并的元数据列
农庄
findoverlaps
2.8年前
me.saichi
•0
2
票
2
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426
的观点
2kb窗口内的特征,但带有重采样
genomicranges
农庄
slidingwindow
2.8年前
bruce01campus
•0
•更新于2.8年前
迈克尔•劳伦斯
11 k
2
票
7
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535
的观点
基于字符列表分割GRanges对象的行
农庄
grangeslist
2.9年前
stephen.williams
•10
•2.9年前更新
迈克尔•劳伦斯
11 k
3.
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2
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739
的观点
coverage()输出SimpleRleList不能转换为GRanges
错误
genomicranges
农庄
rlelist
报道
2.9年前
xiaotong.yao23
•10
•2.9年前更新
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回答:如何使用集群分析器的浓缩铀
通过
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
如果您正在使用*Salmo salar* NBCI基因id,并希望您可以使用包含*Danio rerio* NCBI基因id的“组织数据库”,那么我将…
回答:错误在GenomeInfoDb:::makeNewSeqnames
通过
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
如果你排列的是基于Ensembl的基因组,那么你的染色体将不会以“chr”开头。而是1-22 X Y MT
回答:DiffBind如何同时处理单端和对端数据
通过
1831513
•0
非常感谢您的帮助!按照您的脚本,我获得了歌唱端和配对端数据的正确读取计数,并运行dba.a…
回答:DiffBind:错误在高度* sapply(调用,函数(x) x)
通过
罗里斯塔克
♦3.5 k
我猜你从最初的帖子更新了软件?' sessionInfo() '的当前输出是什么?如果你能给我一个链接…
注释:Conc_1在differnet dba。report result is slightly different
通过
罗里斯塔克
♦3.5 k
' dba.plotMA()“使用”(abs(褶皱)> =褶皱)&(罗斯福< = th)”。关于浓度问题,如果你能给我一个链接,我可以进入你的…
票
答:TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10存在问题。knownGene“TXNAME”不再是UCSC风格,但
回答:DiffBind如何同时处理单端和对端数据
答:在DESeq2中用apeglm解释lfcShrink()的结果
A: MAST单细胞RNA-seq分析,组大小不平衡
用MAST进行单细胞rna序列分析,组大小不平衡
奖
•所有
先知
来
ilysR
•0
受欢迎的问题
来
苏菲·玛丽恩·德·普罗斯
•0
先知
来
jol.espinoz
•30
史诗的问题
来
jol.espinoz
•30
受欢迎的问题
来
jma1991
•40
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37分钟前
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41分钟前
海德堡EMBL / de.NBI,
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