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rsem
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33
的观点
从RSEM导入期望的计数文件错误
RSEM
tximport
10天前
木鱼
•0
•10天前更新
迈克尔的爱
31 k
0
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2
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71
的观点
“三位一体差分表达式”在没有RSEM估算丰度的标准化原始计数上工作得如何
三一
DifferentialExpression
RSEM
RNAseq
刨边机
6周前
harelarik
•50
5
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6
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227
的观点
用方差稳定变换和tximport R包对原始RSEM基因表达估计进行转换
DESeq2
威仕特
rsem
tximport
7周前•6周前更新
svlachavas
•770年
0
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74
的观点
在WGCNA中使用RSEM计数
rsem
RSEM
WGCNA
8星期前
harelarik
•50
1
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4
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154
的观点
rsem数据的tximport丰ancecol参数无效
tximport
rsem
转录丰度
TPM
FPKM
4个月前
m.metsger
•0
•10周前更新
迈克尔的爱
31 k
6
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13
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347
的观点
如何利用RSEM值寻找差异表达基因
RSEM
limma
刨边机
轰
归一化
4个月前
harelarik
•50
•4个月前更新
戈登•史密斯
41 k
0
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8
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142
的观点
使用tximport导入RSEM
tximport
RSEM
导入错误
4个月前
harelarik
•50
•4个月前更新
迈克尔的爱
31 k
2
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2
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98
的观点
没有丰度矩阵的DESeq2的RSEM
tximport
deseq2
rsem
5个月前
le2336
•20
•5个月前更新
迈克尔的爱
31 k
1
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3.
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72
的观点
RSEM和Tximport
RSEM
tximport
deseq2
7个月前
pthom010
•0
•7个月前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
4
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7
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243
的观点
使用从FireBrowse下载的DESeq2分析TCGA RSEM数据
deseq2
tximport
, tcga
rsem
firebrowse
8个月前
j•史密斯
•0
•8个月前更新
凯文Blighe
2.3 k
0
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141
的观点
还支持ballgownrsem函数吗?
舞会礼服
rsem
iranges
13个月前
本产品
•0
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6
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701
的观点
在deseq2后,当一个条件有两个零和一个小的数字时,另一个条件有两个零和一个大的数字时,大的折叠变化
rnaseq
rsem
deseq2
2.3年前
loliveira
•0
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327
的观点
IRanges错误,当输入rsem数据到ballgown: .Call2("solve_user_SEW0",开始,结束,宽度,包= "IRanges")
舞会礼服
rsem
iranges
2.5年前
kicheol.kim
•0
1
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0
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970
的观点
IRanges错误,当输入rsem数据到ballgown: .Call2("solve_user_SEW0",开始,结束,宽度,包= "IRanges")
舞会礼服
rsem
iranges
2.5年前
kicheol.kim
•0
0
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1
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264
的观点
在RSEM丰度数据上使用tximport
rnaseq
rsem
tximport
2.5年前
raeganlynn123
•0
•2.5年前更新
迈克尔的爱
31 k
1
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4
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408
的观点
使用RSEM+tximport+DEseq2对具有不同序列长度的直方图进行DE分析:序列长度的归一化?
deseq2
序列长度归一化
RSEM
tximport
微分表达式
2.6年前
al-ash
•20
•2.6年前更新
迈克尔的爱
31 k
0
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5
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414
的观点
countsFromAbundance用于基因水平的RSEM导入tximport
tximport
rsem
2.6年前
celi0001
•0
•2.6年前更新
迈克尔的爱
31 k
0
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318
的观点
txtimport中的RSEM输出
RSEM
txtimport
2.6年前
gat2010
•0
0
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8
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894
的观点
tximport传递给DESeq2的基因长度不同,导致基因排名不同
deseq2
tximport
rsem
saimon
2.7年前
LD
•0
•2.7年前更新
迈克尔的爱
31 k
1
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18
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1.5 k
的观点
在rsem文件上使用tximport会在试图读入文件时产生错误
R
tximport
rnaseq
tpm
rsem
2.8年前
stephan.emmrich
•0
2
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2
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333
的观点
tximport导入TPM失败,而不是导入FPKM
tximport
rnaseq
rsem
2.9年前
fresard.laure
•0
•2.9年前更新
rosabellascottgm
•0
3.
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13
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806
的观点
tximport的countsFromAbundance参数不起作用
tximport
rsem
刨边机
2.9年前
tim.ivanov.92
•0
0
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1
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479
的观点
deseq2的数据对象格式
deseq2
R
RSEM
3.0年前
tim.ivanov.92
•0
•3.0年前更新
迈克尔的爱
31 k
1
投票
2
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619
的观点
RNA-seq读取对齐低输入样本的最佳实践
limma
差异基因表达
rnaseq分析
对齐
RSEM
3.1年前
goldberg.jm
•10
•3.1年前更新
亚伦Lun
♦26 k
3.
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4
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1.5 k
的观点
使用tximport导入RSEM转录水平数据
tximport
rsem
3.1年前
帕特里克·金
•10
•3.1年前更新
迈克尔的爱
31 k
1
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11
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1.4 k
的观点
Tximport与RSEM错误
RSEM
3.2年前
hs.lansdell
•10
•3.2年前更新
k.vitting.seerup
•100年
2
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7
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712
的观点
获取RSEM中的转录本名称
tximport
rsem
3.3年前
蒂娜
•10
•3.3年前更新
迈克尔的爱
31 k
0
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2
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541
的观点
使用RSEM读取DESeq2
deseq2
rsem
3.4年前
deeptiptl74
•0
•3.4年前更新
迈克尔的爱
31 k
3.
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1
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808
的观点
RSEM值差分分析中的滤波步骤
rsem
差异基因表达
刨边机
3.4年前
生物学家
•90年
•3.4年前更新
戈登•史密斯
41 k
0
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1
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1.0 k
的观点
与tximport选项和结果矩阵混淆
tximport
rnaseq
rsem
limma
轰
3.5年前
arubio
•0
•3.5年前更新
戈登•史密斯
41 k
1
投票
3.
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885
的观点
差分分析与RSEM归一化计数使用limma无轰鸣声
limma
差异基因表达
, tcga
rsem
3.5年前
生物学家
•90年
•3.5年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
6
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5
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1.8 k
的观点
聚类差分表达式的结果来自voomWithQualityWeights
核糖核酸
limma
rsem
刨边机
3.8年前
hrishi27n
•20
•3.8年前更新
戈登•史密斯
41 k
0
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0
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1.6 k
的观点
TCGA RNA-seq v2的rsem.genes.结果如何归一化?
, tcga
rnaseq
rsem
R
归一化
3.8年前
panagiotis.mokos
•40
0
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1
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1.0 k
的观点
RSEM输出在DeSeq2
RSEM
deseq2
数矩阵
3.9年前
kmeusemann
•0
•更新于3.9年前
迈克尔的爱
31 k
25
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37
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5.7 k
的观点
从RSEM软件的归一化计数中进行差异基因表达和RNA-Seq数据分析的可能方法
rnaseq
RSEM
, TCGA
刨边机
归一化
4.0年前
svlachavas
•770年
•4.0年前更新
戈登•史密斯
41 k
1
投票
1
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6.0 k
的观点
DESeq2中RSEM的预期计数
RSEM
deseq2
expected_counts
raw_counts
4.1年前
chudar.chudar
•0
•4.1年前更新
迈克尔的爱
31 k
5
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9
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3.8 k
的观点
轰:需要至少两个非na值插值
limma轰
轰
rsem
fpkm
4.4年前
komal.rathi
•80年
0
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8
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972
的观点
使用Scran与RSEM/DEseq
食物
归一化
deseq2
rsem
刨边机
4.4年前
a.guerra
•0
6
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4
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1.7 k
的观点
RSEM预计计数为limma- boom
limma
轰
rsem
4.5年前
杰克
•70年
•4.5年前更新
戈登•史密斯
41 k
4
票
7
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798
的观点
将差异外显子分配给基因
dexseq
rsem
差异外显子使用
差异基因表达
4.6年前
亚萨合Yeroslaviz
♦1.5 k
•4.6年前更新
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
1
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3.
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1.3 k
的观点
RSEM量化后的DESeq2大小因子估计
deseq2
tximport
rsem
estimatesizefactors
4.7年前
雨果Varet
•80年
41个结果•页面
1 / 1
最近……
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回答:如何使用集群分析器的浓缩铀
通过
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
如果您正在使用*Salmo salar* NBCI基因id,并希望您可以使用包含*Danio rerio* NCBI基因id的“组织数据库”,那么我将…
回答:错误在GenomeInfoDb:::makeNewSeqnames
通过
詹姆斯·w·麦克唐纳
55 k
如果你排列的是基于Ensembl的基因组,那么你的染色体将不会以“chr”开头。而是1-22 X Y MT
回答:DiffBind如何同时处理单端和对端数据
通过
1831513
•0
非常感谢您的帮助!按照您的脚本,我获得了歌唱端和配对端数据的正确读取计数,并运行dba.a…
回答:DiffBind:错误在高度* sapply(调用,函数(x) x)
通过
罗里斯塔克
♦3.5 k
我猜你从最初的帖子更新了软件?' sessionInfo() '的当前输出是什么?如果你能给我一个链接…
注释:Conc_1在differnet dba。报告结果略有不同
通过
罗里斯塔克
♦3.5 k
' dba.plotMA()“使用”(abs(褶皱)> =褶皱)&(罗斯福< = th)”。关于浓度问题,如果你能给我一个链接,我可以进入你的…
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答:TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10存在问题。knownGene“TXNAME”不再是UCSC风格,但
回答:DiffBind如何同时处理单端和对端数据
答:在DESeq2中用apeglm解释lfcShrink()的结果
A: MAST单细胞RNA-seq分析,组大小不平衡
用MAST进行单细胞rna序列分析,组大小不平衡
奖
•所有
先知
来
ilysR
•0
受欢迎的问题
来
苏菲·玛丽恩·德·普罗斯
•0
先知
来
jol.espinoz
•30
史诗的问题
来
jol.espinoz
•30
受欢迎的问题
来
jma1991
•40
位置
•所有
美国,
10分钟前
德国,
14分钟前
爱尔兰共和国,
21分钟前
纽约市,
24分钟前
海德堡EMBL / de.NBI,
33分钟前
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